明清时期，战争频发，疫病猖獗。据文献记载，明清发生疫情约140次。在此背景下，大量温病医家通过治疫实践，促使疫病治法和理论突破创新，以吴又可《温疫论》为标志，逐渐形成相对独立、完整的学说，也就是后世所说的温疫学派。

明代医家吴又可，编撰出我国医学发展史上首部温疫学专著《温疫论》，为后世温疫学说的发展奠定了基础。吴又可《温疫论·自叙》所云“夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”，提出“异气”是导致温病发生的原因。《温疫论·原病》所云“疫者，感天地之疠气……此气之来，无论老少强弱，触之者即病，邪自口鼻而入”，明确指出口鼻传染的途径。在治法上，吴又可提出“以逐邪为第一要义”并创制“达原饮”用于疫病的治疗，为后续温疫学说的发展奠定了基础。

继明代医家吴又可后，对疫病认识逐步深化，辨证方法日趋成熟。叶天士创立“卫气营血”辨证方法，成为温病学辨证的基本纲领；所著《外感温热篇》提到“温邪上受，首先犯肺，逆传心包。肺主气属卫，心主血属营。辨营卫气血，虽与伤寒同，若论治法，则与伤寒大异也”“大凡看法，卫之后方言气，营之后方言血。在卫汗之可也，到气才可清气，入营犹可透热转气”，指出疾病感染途径、病位所在。喻嘉言《尚论篇》所述“未病前，预饮芳香正气药，则邪不能入，此为上也。邪既入，急以逐秽为第一义。上焦如雾，升而逐之，兼以解毒；中焦如沤，疏而逐之，兼以解毒；下焦如渎，决而逐之，兼以解毒”，将疫病分为上中下三焦进行论治。薛雪《湿热病篇》论及三焦，提出湿热病治疗当立足于分解湿热，分立三焦，提出气化三焦的观点。吴鞠通《温病条辨》确立了“治上焦如羽，非轻不举”“治中焦如衡，非平不安”“治下焦如权，非重不沉”的三焦温病治疗原则，正式形成三焦辨证的辨证纲领，为温病的辨证论治及处方选药提供了理论依据和临床范例。

亦有医家融合各家辨证方法，如俞根初《通俗伤寒论》所述“以六经钤百病，为确定之总诀”“以三焦赅疫证，为变通之捷诀”的观点，熔六经、卫气营血、三焦、脏腑辨证于一炉，主张“寒温统一”论治疫病。王孟英《温热经纬》所载“伤而即病者为伤寒，不即病者为温热”，指出温病新感、伏气并存，在认识上不可偏废；而对伏气温病的临床特点及其治法，王氏也有许多精辟论述。

在《温疫论》的影响下，温疫学说得以深入发展。戴天章在《广瘟疫论》卷四确立治疗温疫“汗、下、清、和、补”五大治法。再如余霖《疫疹一得》中强调温疫以清为主，治宜清热解毒、凉血滋阴为法，创制清瘟败毒饮治疫病，为温疫病的治疗开拓了新境地。

此外，刘奎《松峰说疫》记载“凡瘟疫之流行，皆有秽恶之气……试观入瘟疫之乡，是处动有青蝇”，认为苍蝇是传播疫病的重要媒介，首次创立“瘟疫统治八法”，总结中国古代预防温疫之法，撰为“避瘟方”，并提到许多具体防疫措施。

晚清杨栗山《伤寒温疫条辨》明确指出空气和水是导致温疫流行的重要环节，创立以中焦病变为中心、以疫热怫郁为病机关键、以中焦传上下表里为传变形式的理论体系，治疗上以“逐秽”为第一要义，贯穿着宣、清、通三大治则，自创以升降散为总方的方剂治疗疫病。

综上所述，中医学中的疫病学说与温病学说是经过历代无数医家与疫病、温病进行顽强而艰苦的抗争才逐渐形成的。由于这些著作论述的病种较局限，难以形成完整的理论体系，但为温病学说的形成、发展、深化奠定了坚实的基础，为后世瘟疫的治疗提供了临床借鉴。